1、首先按照比对的基因组坐标进行排序 去除多重比对、重复、未比对上的reads 最后就得到了排序且去重的BAM文件了 提取甲基化信息 至此，所有CpG位点就全部被提取出来了。将CpG位点保存为 GR 文件 由于测序是区分正负链的，而在分析的时候不区分，所以需要合并正负链的信息。
2、亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。
3、展开全部 问题一：全基因组测序的技术路线 提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头， 进行基因簇cluster制备或电子扩增E-PCR，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。
4、、全基因组甲基化测序（WGBS）、甲基化敏感限制性内切酶联PCR（MSRE-PCR）、甲基化特异性聚合酶链反等。DNA甲基化检测方法主要利用DNA甲基化与未甲基化DNA在物理性质或化学性质上的差异，通过特定的实验操作和分析手段，以确定DNA序列的甲基化状态。这些方法在生物医学研究和临床诊断中发挥着重要作用。
RNA-seq（RNA测序）是一种先进的转录组研究技术，它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息，包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。
RNA-Seq（RNA sequencing），也称为全转录组测序，是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息，可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子，包括mRNA、非编码RNA和小RNA。RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。
【答案】： 转录组学（transcriptomics）是在基因组学后新兴的一门学科，即研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA（包括mRNA和非编码RNA.的类型与拷贝数。Illumina提供的mRNA测序技术可在整个mRNA领域进行各种相关研究和新的发现。
RNA-Seq原始数据质量控制（QC）是非常重要的一个环节，由于各种原因，例如测序平台、实验操作等，原始测序数据可能存在不少问题，如低质量读段、接头序列、污染序列等。为了确保后续分析的准确性，需要先进行质量控制。
RNA-Seq主要有三个步骤，分别是第一：建库；第二，测序；第三，数据分析 先登录界面找到这个数据集所在位置：https：//？acc=GSE52778 点击SRA Run selector 究计划的总体描述；项目通常涉及多个样本和数据集。
现在，RNA-seq用于研究RNA生物学的许多方面，其中包括单细胞基因表达、翻译（翻译组，translatome）和RNA结构（结构体，structurome）。其它的应用也在开发中，例如 空间转录学（Spatialomics）。
S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主，核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。
通过OTU（97%相似性分组）的相对丰度计算，我们可以揭示微生物群落的动态变化。实验步骤的每一步都严格把控，以确保数据的可靠性。16S rRNA和18S rRNA分别在细菌和真菌的多样性研究中大显身手，V3-V4和V4区域的精准选取，为解读不同生物体的基因特性提供了关键窗口。
因此整个测序分为PCR扩增（一种可以快速复制大量产生相同DNA片段的技术）和测序两个步骤。但是PCR过程会一定程度增加系统的错误率，并且带来的错误具有偏向性，这也是二代技术存在的问题之一。
样品准备：样本-80℃保存；避免样本出现反复冻融，影响样本中微生物组成，样本均在冰盒或干冰上完成拿取和转移。2）化学裂解+物理击打 I.化学裂解：作用：采用化学方式破坏细胞膜和细胞核膜充分释放细胞内容物。
个问题串起16S测序的核心结果 怎么办？用你的研究逻辑来梳理16S测序数据（图1）。简单地说，做16S测序是为了鉴定样本中的微生物（细菌）群组成，找微生物群与疾病或表型的相关性。
先要分割胶块，将包含产物的胶块进行溶解回收并纯化（也可不纯化）。剩下的就交给测序公司就OK了。
一代测序仪利用Sanger测序——双脱氧末端终止法的原理，将被荧光标记的ddNTP掺入到dNTP中，由于ddNTP随机掺入，PCR产物从引物之后的第一个碱基开始，每一个位置都有可能是ddNTP。由于ddNTP缺乏链延伸所需要的3-OH，链的延伸就选择性地在G、A、T或C处终止。
制备测序模板：PCR 扩增的产物可以经过低熔点的琼脂糖凝胶电泳纯化回收后，用于序列分析；可经过柱层析纯化，去除PCR 反应后剩余的dNTP和引物后，用于序列分析。PCR 产物也可不经纯化直接用于测序，但是这种测序产生的结果较差，建议测序之前应进行PCR产物的纯化。
上下槽中加入1×TBE电泳缓冲液，溢过加样孔，拔出梳子，排出加样孔中的气泡，将PCR产物或限制性内切酶消化产物2与1上样缓冲液混匀，用微量注射器加入加样孔底部，使样品在孔底成一层，两侧孔中加入标准分子量的DNA Marker。
一般情况下PCR产物直接用引物测序即可，无需克隆连接到载体上。直接测序时所得到的结果是不包含引物区序列的，如果想获得PCR产物的完整序列（包含引物区），就必须克隆后再测序。
在PCR反应液中加入3倍体积的Buffer PCR-A，若需加入的Buffer PCR-A不足100μl，则加入100μl。（2） 将DNA-prep Tube置于2-ml Microfuge Tube中，将步骤⑴中的混合液移入DNA-prep Tube中，5500rpm离心1min。
可以通过以下方法处理：数据预处理：将原始的测序数据进行质量控制和过滤，去除低质量序列、接头序列、重复序列等，进行序列比对和修剪获得高质量的测序数据。靶点分析：将测序数据比对到参考基因组或者特定的基因序列上，确定基因编辑靶点的位置和编辑效率。
1、生物信息学分析 R语言在生物信息学领域应用广泛，主要用于基因组学、转录组学和蛋白质组学等数据分析。R语言提供了丰富的生物信息学包，如Bioconductor，这些包可以用于处理高通量测序数据、基因表达数据分析、变异检测等。
2、根据dmlTest Call DMR 我们可以发现，smoothing前后得到的结果差异还是很大，所以针对不同的实验类型我们需要注意是否使用smoothing。 同理，也可以使用的delta参数以及调整p.threshold得到合适的结果。 可视化 DSS包提供了一个不是很美观的可视化函数，用户其实可以使用coverage结果在R里面作图。
3、在 R 中 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差： 测序深度 和 基因长度 。测序深度 ：同一条件下，测序深度越深，基因表达的 read 读数越多。基因长度 ：同一条件下，不同的基因长度产生不对等的 read 读数，基因越长，该基因的read读数越高。
